Un port militaire est une zone militaire au sens de l'article R. 2361-1, comprenant des terrains, des quais, des installations, des équipements et des plans d'eau affectés à l'autorité militaire.

Les limites du port militaire sont fixées, côté terre comme côté mer, par le ministre de la défense. Lorsque le plan d'eau du port militaire inclut un accès nautique à un port maritime civil contigu, la décision du ministre ne peut intervenir qu'après avis de l'autorité portuaire et de l'autorité investie du pouvoir de police portuaire de ce port, mentionnées aux articles L. 5331-5 et L. 5331-6 du code des transports.

Cette délimitation est établie sans préjudice de l'application des dispositions relatives aux zones maritimes et fluviales de régulation prévues à l'article L. 5331-1 du code des transports.

La demande d'avis sur la délimitation du port militaire comporte le projet de règlement d'usage de la zone, qui doit prendre en compte les impératifs d'accès au port maritime civil attenant.