Les dispositions des articles R. 133-4 à R. 133-7 et R. 133-9 à R. 133-14 du code des relations entre le public et l'administration sont applicables au Conseil national de la protection de la nature.

Le conseil adopte un règlement intérieur qui précise ses modalités de fonctionnement, notamment les modalités de consultation de ses membres par voie électronique, les conditions dans lesquelles les membres des commissions mentionnées aux articles R. 134-29 et R. 134-30 et les membres bénéficiant d'une délégation du conseil ou d'une commission sont désignés et conduisent leurs travaux, ainsi que la nature des affaires courantes et autres travaux pouvant être délégués. Il détermine également les règles de déontologie applicables à ses membres.

Le règlement intérieur du Conseil national de la protection de la nature est soumis à l'approbation du ministre chargé de la protection de la nature.