Les commissaires enquêteurs et les membres des commissions d'enquête ont droit à une indemnité, à la charge du maître d'ouvrage, qui comprend des vacations et le remboursement des frais qu'ils engagent pour l'accomplissement de leur mission.
Le président du tribunal administratif qui a désigné le commissaire enquêteur ou les membres de la commission d'enquête, ou le membre du tribunal délégué par lui à cet effet, détermine le nombre de vacations allouées au commissaire enquêteur sur la base du nombre d'heures que le commissaire enquêteur déclare avoir consacrées à l'enquête, en tenant compte des difficultés de l'enquête ainsi que de la nature et de la qualité du travail fourni par celui-ci.
Il arrête, sur justificatifs, le montant des frais qui seront remboursés au commissaire enquêteur.
Le président du tribunal administratif ou le membre du tribunal délégué par lui à cet effet fixe par ordonnance le montant de l'indemnité. Cette ordonnance est notifiée au commissaire enquêteur, au maître d'ouvrage et au fonds d'indemnisation des commissaires enquêteurs prévu à l'article R. 123-12 (Information des communes sur les projets environnementaux)Art. R.123-12Information des communes sur les projets environnementauxLes mairies concernées par un projet environnemental reçoivent une copie numérique du dossier d'enquête dès son ouverture.. Le maître d'ouvrage verse sans délai au fonds d'indemnisation les sommes dues, déduction faite, le cas échéant, du montant de la provision versée dans les conditions définies à l'article R. 123-11 (Publicité de l'enquête publique environnementale)Art. R.123-11Publicité de l'enquête publique environnementaleL'article explique comment informer le public d'une enquête sur un projet environnemental, en affichant des avis dans les journaux et sur internet.. Le fonds verse les sommes perçues au commissaire enquêteur.
Dans un délai de quinze jours suivant la notification, le commissaire enquêteur et le maître d'ouvrage peuvent contester cette ordonnance devant la juridiction à laquelle appartient son auteur. Celle-ci statue en formation de jugement.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, de l'équipement, du budget et de l'intérieur fixe les modalités de calcul de l'indemnité.

Dans les huit jours qui suivent sa désignation, le commissaire enquêteur ou le président de la commission d'enquête peut demander au président du tribunal administratif, ou au membre du tribunal qu'il délègue à cet effet, d'ordonner au maître d'ouvrage de verser au fonds d'indemnisation des commissaires enquêteurs une provision dont il définit le montant.
Le commissaire enquêteur informe de sa demande l'autorité compétente pour organiser l'enquête qui ne pourra autoriser l'ouverture de celle-ci qu'après que le maître d'ouvrage aura attesté auprès d'elle du versement de cette provision.
Le maître d'ouvrage peut s'acquitter des obligations résultant des alinéas précédents en versant annuellement au fonds d'indemnisation des commissaires enquêteurs un acompte à valoir sur les sommes dues et en attestant, à l'ouverture de chaque enquête effectuée à sa demande, que cet acompte garantit le paiement de celles-ci.
Le président du tribunal administratif ou le membre du tribunal délégué par lui peut, soit au début de l'enquête, soit au cours de celle-ci ou après le dépôt du rapport d'enquête, accorder au commissaire enquêteur, sur sa demande, une allocation provisionnelle. Cette décision ne peut faire l'objet d'aucun recours. L'allocation est versée par le fonds d'indemnisation des commissaires enquêteurs dans la limite des sommes perçues du maître d'ouvrage.

Il est créé un fonds, dénommé fonds d'indemnisation des commissaires enquêteurs, chargé de verser à ceux-ci, dans les conditions prévues par le présent chapitre, les indemnités mentionnées à l'article L. 123-14 (Modification des projets environnementaux pendant les enquêtes publiques)Art. L.123-14Modification des projets environnementaux pendant les enquêtes publiquesL'article explique comment modifier un projet environnemental pendant une enquête publique, avec des règles strictes pour suspendre ou prolonger l'enquête. et à l'article R. 11-6-1 du code de l'expropriation pour cause d'utilité publique. Le maître d'ouvrage verse à ce fonds les sommes et provisions destinées à couvrir les indemnités qui sont à sa charge en application de ces articles.
La Caisse des dépôts et consignations assure la gestion comptable et financière du fonds dans les conditions définies par une convention conclue avec l'Etat, représenté par le ministre chargé de l'environnement, et soumise à l'approbation du ministre chargé des finances. Cette convention précise, notamment, les modalités d'approvisionnement, de gestion et de contrôle du fonds.