Dans les régions comportant plusieurs académies, un secrétaire général de région académique est chargé, sous l'autorité du recteur de région académique, de l'administration de la région académique. A ce titre, il assure le pilotage des services régionaux et dispose, en tant que de besoin, des services académiques et interacadémiques, ainsi que des services interrégionaux qui concourent à la mise en œuvre des politiques de la région académique.
Dans les régions académiques mentionnées à l'article R. 222-16-3, le secrétaire général de région académique assiste le recteur délégué pour l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation. Pour les questions communes aux enseignements secondaires et supérieurs, il assure la coordination entre les services concernés, en lien avec le recteur délégué.

Dans la région Ile-de-France, le recteur délégué est assisté d'un secrétaire général pour l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation, auquel il peut déléguer sa signature. Ayant rang de secrétaire général d'académie, ce dernier exerce les fonctions de secrétaire général de la chancellerie des universités de Paris.