Toutes les ordonnances du juge d'instruction militaire peuvent faire l'objet de la part du commissaire du Gouvernement d'un appel devant la chambre de l'instruction.
Le même droit appartient à la personne mise en examen, mais uniquement en ce qui concerne les ordonnances rejetant une demande de mise en liberté.
Les décisions de la chambre de l'instruction ne peuvent faire l'objet d'un pourvoi en cassation, mais peuvent être examinées à l'occasion du pourvoi sur le fond ; toutefois, les décisions de non-lieu ou d'incompétence peuvent faire l'objet d'un pourvoi du commissaire du Gouvernement.