La sous-direction des affaires multilatérales est chargée des affaires européennes concernant le ministère, des relations avec les organisations internationales intervenant en matière d'éducation. Elle effectue des comparaisons internationales, accueille les étudiants étrangers et assure le développement de l'exportation de l'ingénierie éducative.
La sous-direction des affaires bilatérales a la charge de la coopération, en matière éducative, avec les pays industrialisés et avec les pays en voie de développement et les aspects pédagogiques de l'enseignement français à l'étranger.