Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.

Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.

Après chaque séance, le secrétaire rédige le procès-verbal des propositions ou avis formulés par la commission. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans le délai d'un mois, aux membres de la commission.