Lors des introductions sur le territoire national des animaux, semences ou embryons des espèces visées en annexe I, des contrôles vétérinaires sont réalisés à destination, par sondage et de façon non discriminatoire. Les opérateurs sont tenus d'accorder toute facilité aux agents en charge des contrôles vétérinaires, de prêter leur concours pour l'exécution de ces contrôles ; ils sont notamment responsables de la contention des animaux.

Lorsque des éléments d'information permettent de présumer une infraction, des contrôles en cours de transport peuvent être organisés.
De même les contrôles à destination peuvent être intensifiés lors du constat de manquements répétés à la réglementation communautaire de la part d'un opérateur. L'intensification de ces contrôles peut aussi porter sur les animaux, semences et embryons en provenance d'une exploitation, d'un centre ou organisme, d'un centre de rassemblement agréé, ou d'une région d'origine.