Le contrôleur général peut mettre en place et communiquer à ces organismes un programme annuel de contrôles a posteriori. L'établissement communique au contrôleur général, à sa demande, tous les documents nécessaires. Ces contrôles peuvent être effectués sous forme d'audit. Dans ce cas, le contrôleur général fait connaître à l'établissement l'objet de l'audit et la liste des intervenants.