Un projet annuel de protocole d'évaluation précise, pour chaque établissement, les ensembles d'épreuves proposés aux élèves et le calendrier des contrôles. Le document est adressé à une commission académique d'harmonisation et de proposition des notes, placée sous l'autorité du recteur, qui valide le document, lequel est ensuite adressé pour information au conseil d'administration de l'établissement. Le protocole est porté à la connaissance des élèves.
Présidée par le recteur ou son représentant, la commission académique est composée du ou des inspecteurs d'académie-inspecteurs pédagogiques régionaux d'éducation physique et sportive et d'au moins huit enseignants d'éducation physique et sportive dont des professeurs coordonnateurs, membres de l'enseignement public ou bénéficiant d'un contrat définitif dans un établissement d'enseignement privé sous contrat.