A l'issue des contrôles, la commission académique d'harmonisation et de proposition des notes analyse les notes transmises par les établissements et procède à leur harmonisation éventuelle. Elle communique ensuite les notes harmonisées au jury de l'examen du baccalauréat, lequel arrête définitivement la note affectée du coefficient en vigueur. La commission académique dresse le compte rendu de chaque session pour l'ensemble des épreuves (enseignement obligatoire, de complément, facultatif et épreuves adaptées) et le transmet à la Commission nationale d'évaluation qui publie un rapport national annuel pour d'éventuelles régulations ou modifications du référentiel d'épreuves de la liste nationale ou des listes académiques.
Placée auprès de la direction de l'enseignement scolaire, la commission nationale est présidée par le doyen du groupe d'éducation physique et sportive de l'éducation nationale ou son représentant.