Le traitement du signalement émis par un agent comprend trois étapes :

- l'examen de la recevabilité du signalement : cette phase doit permettre la vérification du respect du périmètre de l'alerte et le caractère suffisamment précis des éléments portés à la connaissance du référent, permettant utilement au référent alerte de traiter le signalement. L'irrecevabilité conduit à la clôture de l'alerte, mais ne fait pas obstacle à ce que l'auteur du signalement porte les faits à la connaissance de l'autorité judiciaire, conformément à l'article 40 du code de procédure pénale ;

- la vérification de la matérialité des faits : cette phase peut comporter des échanges avec l'auteur du signalement ;

- la phase de transmission aux autorités compétentes ou de clôture de la procédure.

Hormis le cas où le signalement est anonyme, l'auteur du signalement est informé par le référent alerte régulièrement et tout au long de la procédure, des suites données à son alerte ainsi que des délais prévisibles du traitement qui ne sauraient excéder trois mois à compter de l'accusé de réception du signalement ou, à défaut d'accusé de réception, trois mois à compter de l'expiration d'une période de sept jours ouvrés suivant le signalement.