L'autorisation visée aux articles 17 et 18 du règlement (CE) n° 1069/2009 susvisé est délivrée par le préfet du département d'implantation de l'établissement, sur la base d'une demande d'autorisation dont le modèle figure en annexe I, déposée auprès du service départemental en charge de la protection des populations du département d'implantation de l'établissement. Cette demande est accompagnée d'un dossier d'autorisation composé des pièces définies à l'annexe III du présent arrêté. Les exploitants des établissements tiennent à jour une copie de ce dossier d'autorisation et la mettent à la disposition des services de contrôle sur le site. Les pièces sont conservées pendant une durée minimale de cinq ans après la cessation d'activité.
L'autorisation ne peut être accordée qu'aux établissements dont le dossier de demande d'autorisation est complet et jugé recevable.
L'autorisation est délivrée pour un an, renouvelable par tacite reconduction.

L'autorisation est notifiée à l'exploitant. Elle porte une référence à l'article soit 17, soit 18 du règlement (CE) n° 1069/2009 susvisé suivant l'activité déclarée. Elle précise les catégories de sous-produits et le type d'activité pour lesquels elle est accordée. Elle attribue un numéro d'autorisation à l'établissement selon la codification suivante :
― le code FR dans le cas des centres de collecte ;
― le numéro d'identification.
Le numéro d'identification est composé dans l'ordre :
― du numéro de codification du département ;
― du numéro de codification de la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, de l'arrondissement ;
― du numéro d'ordre à trois chiffres de l'établissement dans la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, dans l'arrondissement.

En cas de constat de manquement aux dispositions des législations communautaire et nationale ou de réglementations prises pour leur application, en termes de conditions sanitaires d'élimination ou d'utilisation des sous-produits animaux ou des produits dérivés, l'autorisation peut être suspendue ou retirée par le préfet du département d'implantation, sur proposition du directeur départemental chargé de la protection des populations dudit département. L'autorisation est retirée en cas de cessation d'activité.

La liste des établissements autorisés avec leur numéro d'autorisation est rendue publique par le ministère chargé de l'agriculture. Les modifications, suspensions et retraits d'autorisation sont également rendus publics.