L'agrément visé à l'article 24 du règlement (CE) n° 1069/2009 susvisé est délivré par le préfet du département d'implantation de l'établissement, sur la base d'une demande, dont le modèle figure en annexe I, déposée auprès du service départemental en charge de la protection des populations du département du lieu d'implantation de l'établissement.
Cette demande est accompagnée d'un dossier d'agrément composé des pièces définies à l'annexe II du présent arrêté. Les exploitants des établissements tiennent à jour une copie de ce dossier d'agrément et la mettent à la disposition des services de contrôle sur le site. Les pièces sont conservées pendant une durée minimale de cinq ans après la cessation d'activité. Il ne peut être accordé qu'aux établissements dont le dossier de demande d'agrément est complet et jugé recevable et pour lesquels la conformité aux conditions sanitaires des installations, des équipements et du fonctionnement fixée par la réglementation a été constatée sur site.
Pour que la demande soit recevable, elle doit être accompagnée d'un dossier comprenant les documents descriptifs de l'établissement et le plan de maîtrise sanitaire, notamment fondé sur les principes de l'HACCP, tels que définis en annexe II. Le préfet n'accorde l'agrément qu'après un nouveau contrôle sur place, effectué dans les trois mois qui suivent l'octroi de l'agrément provisoire, si celui-ci fait apparaître que l'établissement respecte l'ensemble des exigences fixées par la réglementation.
Toutefois, la durée d'un agrément provisoire ne peut pas dépasser six mois au total.

L'agrément est notifié à l'exploitant. L'agrément porte une référence au règlement (CE) n° 1069/2009 susvisé. Il fait état de la (ou des) activité(s) citée(s) à l'article 24, point 1, dudit règlement sur laquelle (lesquelles) se fonde la délivrance de l'agrément. Il précise les catégorie s de sous-produits et le type d'activité pour lesquels il est accordé. Il attribue un numéro d'agrément à l'établissement selon la codification suivante :
― le code FR ;
― le numéro d'identification.
Le numéro d'identification est composé dans l'ordre :
― du numéro de codification du département ;
― du numéro de codification de la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, de l'arrondissement ;
― du numéro d'ordre à trois chiffres de l'établissement dans la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, dans l'arrondissement.

L'exploitant d'un établissement agréé informe le service départemental en charge de la protection des populations de son lieu d'implantation de toute modification d'activité, de toute modification importante dans l'installation des locaux, de leur aménagement, des principaux équipements ou de leur affectation ou de toute modification importante des procédures de maîtrise des points critiques. Il transmet à cet effet au service départemental en charge de la protection des populations de son lieu d'implantation les pièces nécessaires pour la mise à jour de son dossier d'agrément.
L'agrément est, le cas échéant, modifié selon les conditions définies à l'article 8 si l'établissement a démontré ses capacités à se livrer à une nouvelle activité soumise à agrément.

A tout moment, en cas de constat de manquement aux dispositions des législations communautaire, nationale ou de réglementations prises pour leur application, en termes sanitaires, d'élimination ou d'utilisation des sous-produits animaux et des produits dérivés, notamment en l'absence d'actualisation des pièces essentielles constitutives du plan de maîtrise sanitaire mentionné à l'annexe II du présent arrêté, l'agrément peut être suspendu ou retiré par le préfet du département d'implantation, sur proposition du directeur départemental chargé de la protection des populations dudit département.
L'agrément est retiré en cas de cessation d'activité.

La liste des établissements agréés est rendue publique par le ministère en charge de l'agriculture. Les modifications, suspensions et retraits d'agrément sont également rendus publics.