Le contrôleur financier est obligatoirement consulté sur tous les projets de décrets, arrêtés ou décisions interministérielles susceptibles d'entraîner des répercussions directes ou indirectes sur les finances de l'établissement ainsi que sur les propositions budgétaires.

Ses avis sont transmis par l'autorité de tutelle au ministère du budget en même temps que les projets de textes ou propositions budgétaires auxquels ils se rapportent.