Le bureau des partenaires institutionnels et des territoires pilote l'organisation, le fonctionnement général et l'articulation de l'administration territoriale de la direction. Il veille notamment à l'articulation des projets stratégiques territoriaux au regard des objectifs nationaux de la direction.
Il élabore les conditions juridiques et administratives de la participation des services et des établissements, quel qu'en soit le statut, au service public de la protection judiciaire de la jeunesse.
Il suit les dossiers et la réglementation intéressant la décentralisation des compétences concernant la protection de l'enfance.
Il assure la connaissance et l'analyse de la direction sur ses structures d'administration territoriale et sur le fonctionnement d'ensemble de la justice des mineurs dans chaque ressort géographique. Il conduit, tant au niveau national que territorial, une politique visant à favoriser la complémentarité, la coordination et l'organisation des actions de l'autorité judiciaire et des partenaires oeuvrant à la justice des mineurs, notamment les juridictions des mineurs, les directions territoriales de la protection judiciaire de la jeunesse, les services des collectivités territoriales et les associations.
Dans un souci de complémentarité et d'efficacité des dispositifs, il veille à ce que l'implantation des services et des établissements, quel qu'en soit le statut, réponde aux besoins en matière de protection judiciaire de la jeunesse. Il est chargé de la politique d'habilitation et de conventionnement de la direction.
Il conduit la politique de contrôle des services et des établissements chargés de mesures judiciaires d'investigation, de protection et d'éducation ainsi que d'actions favorisant l'insertion des publics concernés.