Le contrôleur financier exerce une mission générale de surveillance de la gestion économique et financière de l'établissement.
Il contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers directs ou indirects auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté et en rend compte aux autorités de tutelle.
Le contrôleur financier concourt également à l'évaluation de l'emploi des moyens alloués par l'Etat au regard des objectifs fixés par les autorités de tutelle. Il établit un rapport annuel sur la gestion financière de l'établissement qu'il transmet aux ministres de tutelle et au ministre chargé du budget et dont il assure la présentation au conseil d'administration.