La direction territoriale dénommée « direction territoriale de la protection judiciaire de la jeunesse de la Franche-Comté » regroupe sous l'autorité d'un directeur territorial de la protection judiciaire de la jeunesse les circonscriptions départementales suivantes :
Doubs ;
Jura ;
Haute-Saône ;
Territoire de Belfort.
Le siège de la direction territoriale de la protection judiciaire de la jeunesse de la Franche-Comté est sis 15 D, rue Rivotte, 25018 Besançon Cedex.