La commission spécialisée « maladies transmissibles » réunit l'expertise scientifique nécessaire à l'analyse de l'ensemble des questions liées aux pathologies infectieuses, et notamment aux principaux risques infectieux pouvant menacer la santé de la population et à l'évaluation des stratégies de gestion de ces risques.
Sont rattachés à la commission, en tant que comités techniques permanents, le comité technique des vaccinations et le comité des maladies liées aux voyages et des maladies d'importation.
Les directeurs généraux de l'Institut de veille sanitaire, de l'Institut national de prévention et d'éducation pour la santé, de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.