Les épreuves anonymes de connaissances théoriques et pratiques sont organisées par le préfet de la région responsable de l'organisation des épreuves et, par délégation, par le directeur régional des affaires sanitaires et sociales correspondant qui se fait assister du médecin inspecteur régional de la santé ou, pour la pharmacie, par le pharmacien inspecteur régional de la santé. Les épreuves de biologie sont organisées à Poitiers.
Les épreuves de chirurgie sont organisées à Toulouse.
Les épreuves de médecine sont organisées à Strasbourg.
Les épreuves d'odontologie sont organisées à Paris.
Les épreuves de pharmacie sont organisées à Dijon.
Les épreuves de psychiatrie sont organisées à Orléans.
L'organisation matérielle des épreuves, la convocation des candidats, les corrections et la saisie des résultats anonymes sont assurées par le directeur régional des affaires sanitaires et sociales concerné.
L'anonymat est garanti au moyen d'une grille de concordance informatisée.
A l'issue de la correction des épreuves anonymes de connaissances théoriques et pratiques, il est procédé à la levée de l'anonymat à l'aide d'une procédure automatisée. Les notes obtenues à ces épreuves par les candidats sont remises au président de chaque jury au moment de la séance plénière de délibération.