Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 estuaire de la Loire » (zone spéciale de conservation FR 5200621) l'espace délimité sur la carte d'assemblage au 1/140 000 et les onze cartes au 1/25 000 ci-jointes, s'étendant dans le département de la Loire-Atlantique, sur une partie du territoire des communes suivantes : Bouguenais, Bouée, Brains, Chapelle-Launay, Cheix-en-Retz, Cordemais, Corsept, Couëron, Donges, Frossay, Indre, Lavau-sur-Loire, Malville, Montagne, Montoir-de-Bretagne, Nantes, Paimbœuf, Pellerin, Port-Saint-Père, Prinquiau, Rezé, Rouans, Saint-Brevin-les-Pins, Saint-Herblain, Saint-Jean-de-Boiseau, Saint-Léger-les-Vignes, Saint-Nazaire, Saint-Père-en-Retz, Saint-Sébastien-sur-Loire, Saint-Viaud, Saint-Etienne-de-Montluc, Savenay, Vertou, Vue.