Est désigné sous l'appellation « site Natura 2000 la Garonne » (zone spéciale de conservation FR 7200700) l'espace délimité sur la carte d'assemblage au 1/500 000 et les six cartes au 1/100 000 ci-jointes, qui s'étend :

- dans le département de la Gironde, sur une partie du territoire des communes suivantes : Ambès, Arbanats, Barie, Barsac, Bassens, Baurech, Bayon-sur-Gironde, Beautiran, Blanquefort, Bordeaux, Bouliac, Bourdelles, Bègles, Béguey, Cadaujac, Cadillac, Cambes, Camblanes-et-Meynac, Casseuil, Castets-en-Dorthe, Castres-Gironde, Caudrot, Cérons, Floirac, Floudès, Fontet, Gironde-sur-Dropt, Hure, Isle-Saint-Georges, Langoiran, Langon, Latresne, Lestiac-sur-Garonne, Lormont, Loupiac, Ludon-Médoc, Macau, Paillet, Parempuyre, Pian-sur-Garonne, Podensac, Portets, Preignac, Quinsac, Rions, Réole, Saint-Louis-de-Montferrand, Saint-Macaire, Saint-Maixant, Saint-Martin-de-Sescas, Saint-Pardon-de-Conques, Saint-Pierre-d'Aurillac, Saint-Pierre-de-Mons, Sainte-Croix-du-Mont, Tabanac, Toulenne, Tourne, Verdelais, Villenave-d'Ornon, Virelade ;
- dans le département de Lot-et-Garonne, sur une partie du territoire des communes suivantes : Agen, Aiguillon, Bazens, Boé, Brax, Buzet-sur-Baïse, Caudecoste, Caumont-sur-Garonne, Clermont-Dessous, Clermont-Soubiran, Colayrac-Saint-Cirq, Couthures-sur-Garonne, Fauillet, Feugarolles, Fourques-sur-Garonne, Gaujac, Jusix, Lafox, Lagruère, Layrac, Marmande, Mas-d'Agenais, Meilhan-sur-Garonne, Moirax, Monheurt, Montesquieu, Nicole, Passage, Port-Sainte-Marie, Saint-Hilaire-de-Lusignan, Saint-Jean-de-Thurac, Saint-Laurent, Saint-Léger, Saint-Nicolas-de-la-Balerme, Saint-Pardoux-du-Breuil, Saint-Romain-le-Noble, Saint-Sixte, Sainte-Bazeille, Sainte-Colombe-en-Bruilhois, Sauveterre-Saint-Denis, Sénestis, Sérignac-sur-Garonne, Taillebourg, Thouars-sur-Garonne, Tonneins, Villeton.