L'Académie militaire de la gendarmerie nationale est commandée par un officier général de la gendarmerie nationale.
Un officier général de la gendarmerie nationale, commandant en second, l'assiste dans ses missions et le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

Pour l'exercice de ses attributions, le commandant de l'Académie militaire de la gendarmerie nationale dispose :

- d'une division en charge des formations élèves ;
- d'une division en charge des enseignements militaires et académiques ;
- d'une mission en charge des actions nationales et internationales ;
- d'une division en charge de l'appui à la formation ;
- du centre de recherche de la gendarmerie nationale ;
- du centre d'enseignement militaire supérieur de la gendarmerie ;
- du centre de formation opérationnelle par la simulation numérique ;
- du musée de la gendarmerie.

Le centre de recherche de la gendarmerie nationale est chargé :

- de conduire et de financer des activités de recherche ;
- d'entreprendre et de diffuser des études et recherches dans tous les domaines de la sécurité intérieure auprès de l'ensemble des participants des différentes formations dispensées et partenariats conclus par l'Académie militaire de la gendarmerie nationale ;
- d'accompagner les chercheurs, y compris financièrement, dans leurs demandes de communication de données détenues par les administrations, organismes publics ou privés en charge d'une mission de service public ;
- de participer à l'instruction ;
- d'accompagner des candidats, issus ou non de la gendarmerie nationale, à un parcours doctorant ;
- de répondre aux sollicitations de collaboration des centres ou laboratoires de recherche extérieurs à l'institution.

Le centre de recherche peut se porter candidat, seul ou via un groupement de recherche, à des projets bénéficiant de financements externes.

Le centre d'enseignement militaire supérieur de la gendarmerie assure la formation professionnelle continue des officiers durant leur parcours de carrière. Il prépare les futurs titulaires de commandement. En liaison avec la direction des ressources humaines de la gendarmerie nationale, il forme et prépare les futurs dirigeants de l'institution.
Le centre d'enseignement militaire supérieur de la gendarmerie est commandé par un officier général de la gendarmerie nationale.

Le centre de formation opérationnelle par la simulation numérique conçoit et met en œuvre des enseignements opérationnels et de soutien par le numérique. Il propose aux officiers en formation des mises en situation opérationnelle permettant de s'entraîner à la planification, à la conception de manœuvre et à la conduite sur le terrain.

Le musée de la gendarmerie, musée de France, exerce à ce titre l'ensemble des missions qui lui sont conférées par l'article L. 441-2 du code du patrimoine.