La clôture des opérations électorales ne peut valablement intervenir qu'après constatation de la présence du président du BVEC ou du secrétaire du BVEC et d'au moins deux délégués parmi les détenteurs de clés. Préalablement aux opérations de dépouillement, les membres du BVEC contrôlent le scellement du système de vote. Les membres du BVEC procèdent publiquement à l'ouverture de l'urne électronique en activant leurs clés de chiffrement nominatives. Le seuil de dépouillement est fixé à 3 clés minimum, à raison de la clé du président ou du secrétaire et de deux clés de délégués.
Après décision de clôture du dépouillement prise par le président du BVEC, le système de vote électronique est scellé pour interdire toute reprise ou modification des résultats. Les clés de chiffrement et les mots de passe associés sont remis publiquement à l'administration. Les mots de passe sont mis sous enveloppes distinctes et scellées en présence des membres du BVEC afin de permettre si besoin une nouvelle exécution de la procédure de décompte des votes.

Pour les BVE dont il a la responsabilité, le BVEC établit un procès-verbal dans lequel sont consignées les constatations faites par les bureaux de vote électronique au cours des opérations de vote et, le cas échéant, les événements survenus durant le scrutin, les interventions effectuées sur le système électronique de vote, ainsi que les résultats du vote électronique par internet.

Pour l'application du premier alinéa de l'article 16 du décret du 26 mai 2011 susvisé, l'administration conserve notamment sous scellé :

- les matériels de vote ;
- les fichiers d'émargement ;
- les fichiers de résultats ;
- les divers états de sauvegarde.

Les fichiers supports comprenant la copie de toutes les sources des programmes constituant la solution de vote ainsi que la version exécutable de ces mêmes programmes sont déposés par le prestataire en amont du scrutin auprès d'un huissier.
A l'expiration du délai de deux ans, mentionné à l'article 16 du même décret, sauf lorsqu'une action contentieuse a été engagée, l'administration procède à la destruction des fichiers supports. Seuls sont conservés les listes de candidats avec déclarations de candidatures et professions de foi, les procès-verbaux de l'élection ainsi que les actes de nomination des membres des bureaux de vote.