Le commandement de la gendarmerie maritime est exercé par un officier supérieur ou général de gendarmerie qui relève du directeur général de la gendarmerie nationale ainsi que du chef d'état-major de la marine pour ce qui concerne l'emploi de la gendarmerie maritime dans le domaine de sa spécialisation.
Dans l'exercice de ses fonctions, le personnel de la gendarmerie maritime reste placé sous l'autorité des chefs hiérarchiques de la gendarmerie maritime.