• préparation des orientations de recherche-développement océanologique, en liaison avec les services des ministères concernés, les industriels, les organismes de recherche ainsi que les partenaires sociaux et régionaux concernés ;
• préparation, en liaison avec les services du ministère chargé de la recherche, du budget annuel de la recherche océanologique ;
• participation à l'établissement des programmes annuels de recherche océanologique par les services et organismes qui les mettent en oeuvre ;
• gestion des programmes qui lui sont confiés ;
• établissement du bilan annuel des actions de coopération internationale conduites par la France dans le domaine de la recherche scientifique marine ;
• secrétariat du comité de coordination des programmes de recherche et technologies marines.

La mission interministérielle de la mer assure la représentation du ministre chargé de la mer dans les conseils d'administration et les instances spécifiques des organismes de recherche où cette représentation est prévue, ainsi que dans les comités d'orientation créés pour mettre en oeuvre certains programmes de recherche sous contrat.