Le comité dispose d'un secrétariat général permanent. Son responsable est nommé par arrêté du ministre chargé de l'économie, des finances et du budget. Il est assisté par un secrétaire scientifique nommé dans les mêmes conditions.

Le secrétaire général réunit, à son initiative et en fonction des besoins, la commission scientifique, anime les groupes de travail ad hoc, prépare les propositions du programme d'activité et en suit la réalisation, selon les directives du président.