Dans l'exercice de ses attributions au profit des forces armées, le service de santé des armées relève du chef d'état-major des armées.

Le chef d'état-major des armées donne les directives générales concernant l'organisation du soutien sanitaire des armées ainsi que de la gendarmerie nationale après accord du directeur général de la gendarmerie nationale ; il détermine les priorités dans la satisfaction des besoins interarmées et entre les forces armées et arbitre les différends susceptibles d'intervenir.

Le chef d'état-major coordonne la mise en place des moyens nécessaires au soutien sanitaire des formations et des établissements appartenant aux trois armées et à la gendarmerie nationale, en fonction des besoins exprimés par celles-ci.