Les fonctions de l'agent comptable sont définies par le décret du 7 novembre 2012 susvisé.
L'exécution des opérations de recettes, de dépenses et de trésorerie ainsi que la tenue des comptabilités budgétaire et générale sont réalisées de manière distincte par l'agent comptable du groupement pour chaque établissement.
Les ordonnateurs de chaque établissement sont chargés de la liquidation et de l'émission des ordres de recettes d'une part, de l'engagement, de la liquidation et de l'ordonnancement des dépenses d'autre part. Ces opérations sont enregistrées dans les comptabilités respectives de chaque organisme.