L'hydrogéologue agréé coordonnateur départemental est chargé de répartir les dossiers entre les hydrogéologues agréés du département. Pour chaque dossier, il doit s'assurer que l'hydrogéologue qu'il propose n'a pas contribué à l'établissement du projet ni à titre personnel ni au titre de l'organisme dont il dépend. En cas d'empêchement, l'hydrogéologue agréé coordonnateur départemental se fait remplacer par son suppléant.

Chaque année, le coordonnateur adresse au préfet du département un bilan de l'activité exercée par les hydrogéologues agréés.