Les hydrogéologues agréés en matière d'hygiène publique sont chargés d'émettre des avis dans le cadre des procédures définies par les réglementations en vigueur concernant la protection des eaux utilisées pour la production d'eaux destinées à la consommation humaine, en particulier pour l'application des articles 4, 5 et 21 du décret n° 89-3 du 3 janvier 1989 modifié susvisé.

Pour chaque dossier, l'hydrogéologue agréé est choisi par le préfet du département, sur proposition de l'hydrogéologue agréé coordonnateur départemental, en fonction de sa spécialisation et de ses disponibilités. Il ne peut être désigné s'il a contribué lui-même à l'établissement du projet ou si l'organisme qui l'emploie est intervenu au cours des études préalables.