La direction des pêches maritimes et de l'aquaculture comprend, sous l'autorité d'un directeur assisté d'un adjoint qui a rang de chef de service :

1. La sous-direction des ressources halieutiques ;
2. La sous-direction de l'aquaculture et de l'économie des pêches ;
3. Le bureau des statistiques de la pêche et de l'aquaculture ;
4. La mission des systèmes d'information de la pêche et de l'aquaculture ;
5. La mission des affaires générales.
Elle exerce la tutelle de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER).
Pour l'exercice de ses attributions, elle dispose des services déconcentrés des affaires maritimes.