Le préfet de la région ou son représentant établit une liste des demandes éligibles conformément aux dispositions du présent arrêté. Les dossiers complets sont examinés par les services compétents de l'Etat au niveau déconcentré puis, s'ils sont éligibles, transmis à la commission de sélection nationale. Sur la base du procès-verbal émis à l'issue de la commission de sélection nationale, le service instructeur communique par voie dématérialisée l'issue réservée à la demande au demandeur.
À réception de l'avis favorable de la commission de sélection nationale, une convention d'attribution de l'aide à l'arrêt temporaire d'activité prise par le préfet de région ou son représentant est transmise au demandeur. Il y figure notamment le nombre maximal de journées d'arrêt indemnisables auquel le demandeur peut prétendre.
Dans le cas où l'avis de la commission de sélection nationale est défavorable, une décision de refus d'attribution de l'aide à l'arrêt temporaire d'activité est notifiée à l'armateur par le préfet de région ou son représentant.
Le demandeur dispose d'un délai de deux semaines en jours francs à compter de la notification de la convention pour la retourner signée par tout moyen au préfet de région ou son représentant. A défaut, sa demande d'arrêt est réputée caduque et son navire est radié de la liste des navires retenus.
La liste des navires retenus pour l'aide à l'arrêt temporaire est publiée par le ministre chargé des pêches maritimes.