La commission régionale est réunie à la demande du préfet de région. Le secrétariat de la commission régionale est assuré par la direction régionale de l'agriculture et de la forêt.
La commission régionale ne peut valablement prononcer d'avis qu'en présence d'au moins la majorité de ses membres. Les avis sont émis à la majorité des membres présents ou représentés.
Elle établit un rapport annuel sur le développement de l'agriculture raisonnée dans la région et l'adresse au secrétariat de la commission nationale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations.
Un règlement intérieur, approuvé par le préfet, peut déterminer les règles de fonctionnement de la commission régionale.