L'administration centrale de la direction générale des douanes et droits indirects comprend, outre le magistrat délégué aux missions judiciaires de la douane, l'inspection des services, le bureau de l'information et de la communication, la cellule de contrôle de gestion et la délégation aux relations internationales, six sous-directions et le département des statistiques et des études économiques.

Un chef de service assiste le directeur général des douanes et droits indirects pour l'ensemble de ses attributions.