La direction de l'administration territoriale et des affaires politiques comprend :

• la sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils ;
• la sous-direction de l'administration territoriale ;
• la sous-direction des affaires politiques et de la vie associative.

La sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils est chargée de la gestion et du management des emplois, des effectifs et des carrières de ces différents corps.
Elle comprend :

• la mission chargée de la politique de mobilité et de débouchés ;
• le bureau de la gestion du corps préfectoral et des administrateurs civils ;
• le bureau du management du corps préfectoral et des administrateurs civils.

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La sous-direction des affaires politiques et de la vie associative est chargée de l'organisation des opérations électorales, et notamment de la préparation et de l'exécution des textes qui s'y rapportent. Elle traite l'application de la législation concernant la vie associative. Elle suit les affaires cultuelles, et notamment l'application du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle.
Elle comprend :
Le bureau des élections et des études politiques ;
Le bureau des groupements et associations ;
Le bureau central des cultes ;
Le bureau des cultes des départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle ;
La régie du dépôt légal et le centre de documentation.