Le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile comprend :
- la sous-direction de la réglementation et de la gestion des personnels ;
- la sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion ;
- la sous-direction des affaires juridiques ;
- la sous-direction de la modernisation, de l'informatique de gestion et de la formation ;
- le bureau des affaires médicales.
Le service d'exploitation de la formation aéronautique (SEFA), le service de gestion des taxes aéroportuaires (SGTA) et le centre d'exploitation, de développement et d'études du réseau d'informatique de gestion (CEDRe), services à compétence nationale, sont rattachés respectivement au secrétariat général, à la sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion et à la sous-direction de la modernisation, de l'informatique de gestion et de la formation du secrétariat général.