Le comité de direction comprend six membres :
1° Le directeur général de l'école ;
2° Le directeur général adjoint ;
3° Le directeur du service de la formation ;
4° Le directeur du service de la recherche et de la documentation ;
5° Le secrétaire général ;
6° Le chargé de mission.
Le comité de direction garantit la cohésion et la cohérence des actions au service de la mission de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse. Il traite de l'actualité de l'école et instruit les sujets qu'il a à connaître.

Le collège de direction est composé des membres du comité de direction et des cadres placés sous leur autorité directe.
Le collège de direction se réunit au moins une fois par mois, avec pour objectif de partager les informations stratégiques et contribuer aux décisions.

Le service de la formation met en œuvre la politique de formation définie par la direction de la protection judiciaire de la jeunesse.
Il assure la cohérence et la qualité de la formation statutaire et continue dans une perspective de formation professionnelle tout au long de la vie.
Il traduit en objets et contenus de formation les orientations nationales en matière de formation jusqu'au plus près des besoins des professionnels sur les territoires.
Il s'appuie notamment sur les travaux conduits par le service de la recherche et de la documentation de l'école.
Le service de la formation se compose de pôles en site central et en territoire. L'ensemble des pôles est placé sous l'autorité du directeur du service de la formation.
L'ensemble de ces pôles met en œuvre la politique nationale de formation.
Le pôle de formation statutaire et le pôle de formation continue et accompagnement des parcours professionnels situés au site central de Roubaix assurent, de manière cohérente, chacun dans leur domaine, le pilotage fonctionnel des pôles territoriaux.
Les pôles territoriaux de formation ont pour mission spécifique de déployer la politique nationale de formation en adéquation avec les besoins territoriaux.

Le service de la recherche et de la documentation est chargé de mener des études et recherches issues du programme de recherche de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse ainsi que de produire et valoriser des connaissances et ressources utiles à la formation.
Il a pour fonction d'analyser les problématiques et les enjeux intéressant la justice des mineurs en contribuant à une meilleure connaissance des institutions, des pratiques professionnelles et des publics confiés aux établissements et services.
Il produit et valorise des connaissances et des ressources utiles à la formation, aux professionnels et au monde scientifique. Il contribue aux actions de formation et participe à la cohérence et à la qualité de la formation statutaire et continue.

Le secrétariat général assure la gestion des moyens alloués en adéquation avec les missions et objectifs de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse. A ce titre, il est chargé :
1° De gérer les ressources humaines, les effectifs et la masse salariale ;
2° De programmer, établir et suivre le budget ;
3° De piloter les projets informatiques, les marchés publics ainsi que toutes les opérations et prestations nécessaires au fonctionnement de l'école ;
4° D'optimiser les moyens alloués grâce au contrôle de gestion et à la comptabilité analytique ;
5° D'assurer l'interface entre l'administration centrale et l'école sur toutes les enquêtes diverses et remontées statistiques relatives à son activité, l'alimentation du bilan formation de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse et du bilan social.

Chaque année, en amont du dialogue de gestion, le directeur général de l'école adresse au directeur de la protection judiciaire de la jeunesse un rapport d'activité reprenant les données pédagogiques, administratives et financières.