L'école est dirigée par un directeur général, assisté d'un directeur général adjoint.

Le directeur général de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse est nommé par le garde des sceaux, ministre de la justice, sur proposition du directeur de la protection judiciaire de la jeunesse.

Le directeur général est assisté dans ses missions par un directeur du service de la formation, un directeur du service de la recherche et de la documentation, un secrétaire général et un chargé de mission.

Le directeur général assure la direction de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse. A ce titre :
1° Il est garant du bon exercice des missions de l'école ;
2° Il a autorité sur l'ensemble des agents affectés à l'école ;
3° Il est responsable du budget opérationnel de programme (BOP) et des moyens qui lui sont alloués conformément aux orientations définies par le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse ;
4° Il dirige l'ensemble des services et est garant de la sécurité et du bon ordre intérieur de l'établissement.

Le directeur général adjoint :
1° Pilote le projet d'établissement de l'école ;
2° Coordonne et anime l'activité des différents services de l'école ;
3° Est spécialement chargé des activités pédagogiques de l'école. A ce titre, il est garant de la programmation, du suivi et de l'évaluation des actions de formation statutaire et continue et, à ce titre, préside le comité pédagogique.
En outre, il assure la représentation par délégation du directeur général en cas d'empêchement ainsi que l'intérim de la direction générale sur décision de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse.