Le conseil intérieur prévu à l'article 11 du décret du 16 avril 1999 susvisé comprend :

- le directeur de l'établissement, président ;

- cinq membres élus des personnels de l'établissement avec une représentation proportionnelle de chaque catégorie, selon des conditions précisées par une circulaire du directeur général de l'enseignement et de la recherche ;

- un représentant de l'association des anciens élèves de la Bergerie nationale ;

- une personnalité qualifiée désignée en son sein par le conseil scientifique et pédagogique, mentionnée à l'article 8 ;

- deux représentants élus des apprentis et stagiaires ;

- le directeur adjoint, le gestionnaire, le responsable d'exploitation agricole et les chefs de centres ou de départements participent à titre consultatif aux séances lorsqu'ils ne sont pas eux-mêmes élus à un autre titre ;

- le président, de sa propre initiative ou à la demande d'un membre du conseil intérieur, peut inviter aux séances, à titre consultatif, toute personne dont la présence lui paraîtrait utile en fonction de l'ordre du jour.