Le conseil se réunit sur convocation de son président, au moins une fois par an, ainsi qu'à la demande du ministre de la défense ou du chef d'état-major de la marine.

Il dispose d'un secrétariat assuré par un officier appartenant à la direction du personnel militaire de la marine.

Son fonctionnement est réglé par instruction du chef d'état-major de la marine, sur proposition de son président.