L'agence d'Aix-en-Provence :
- assure la représentation du centre auprès des partenaires locaux ;
- fournit un support technique pour les activités du centre, notamment en matière :

• d'équipements et systèmes pour la navigation maritime ;
• de télécommunications ;
• de protection des ouvrages contre la corrosion et d'inspection subaquatique des ouvrages maritimes et fluviaux ;
• de connaissance du littoral et des cours d'eau méditerranéens et de techniques d'aménagement appropriées ;
• assure le développement de techniques liées aux sources d'énergie renouvelable ;
• assure une fonction de site complémentaire régional pour le magasinage des matériels spécifiques à destination des services déconcentrés dont le centre a en charge l'achat centralisé ;
• peut être chargée de missions particulières ou temporaires.