Tout organisme qui sollicite un agrément en application de l'article R. 543-58 du code de l'environnement en fait la demande par courrier avec accusé de réception aux ministères signataires. La demande doit être transmise sous format papier et sous format électronique.

Les demandes déposées après le 15 octobre de l'année civile en cours ou complétées après le 15 novembre de l'année civile en cours peuvent ne pas conduire à la délivrance d'un agrément pour l'année civile suivante.