La politique de prévention en santé de la CNMSS a pour objectif de mettre en œuvre un ensemble d'actions visant à améliorer l'état de santé de ses ressortissants. Cette politique couvre la prévention primaire, secondaire et tertiaire, l'éducation pour la santé et la promotion de la santé qui visent à anticiper la maladie et permettre à chacun d'agir sur sa santé.

La CNMSS participe aux campagnes nationales de prévention et de dépistage précoce, initiées ou mises en œuvre par les pouvoirs publics dans le cadre des politiques ministérielles en santé. Dans ce cadre, elle met en œuvre, au bénéfice de ses ressortissants des actions individuelles destinées à améliorer l'état de santé de la population en diminuant les risques.
La mise en œuvre de ces actions concerne essentiellement les vaccinations, le dépistage des cancers et la prévention bucco-dentaire.

La CNMSS conduit, dans la limite des crédits fixés annuellement, des actions de prévention spécifiques, déclinées en actions individuelles et collectives, de façon autonome ou en collaboration, le cas échéant, avec des partenaires sociaux et des acteurs institutionnels du monde des armées (service de santé des armées, action sociale des armées, IGESA, mutuelles référencées, mutuelles d'accompagnement social, associations du monde combattant, fondations).
Ces actions, adaptées aux besoins de la population militaire qui reste soumise à des expositions spécifiques liées à ses caractéristiques sociodémographiques, ses prises de risques et ses contraintes professionnelles, sont réalisées sur l'ensemble du territoire national. Elles visent, par le biais de la sensibilisation sur diverses thématiques (alcool, tabac, stress post traumatique, sport santé, lutte contre le paludisme), à répondre à un besoin en santé ou à un contexte particulier inhérent à la spécificité du milieu militaire.