La CNMSS conduit, dans la limite des crédits fixés annuellement, des actions de prévention spécifiques, déclinées en actions individuelles et collectives, de façon autonome ou en collaboration, le cas échéant, avec des partenaires sociaux et des acteurs institutionnels du monde des armées (service de santé des armées, action sociale des armées, IGESA, mutuelles référencées, mutuelles d'accompagnement social, associations du monde combattant, fondations).
Ces actions, adaptées aux besoins de la population militaire qui reste soumise à des expositions spécifiques liées à ses caractéristiques sociodémographiques, ses prises de risques et ses contraintes professionnelles, sont réalisées sur l'ensemble du territoire national. Elles visent, par le biais de la sensibilisation sur diverses thématiques (alcool, tabac, stress post traumatique, sport santé, lutte contre le paludisme), à répondre à un besoin en santé ou à un contexte particulier inhérent à la spécificité du milieu militaire.