Le secrétariat général placé, auprès du directeur général de l'énergie et des matières premières, prépare et met en oeuvre les délibérations du conseil d'orientation.

Le secrétaire général de l'observatoire est nommé par arrêté du premier ministre, pris sur proposition du ministre chargé de l'énergie. Il participe aux séances du conseil d'orientation.