L'Académie, dans les trois mois suivant sa création, se dote d'un règlement.
Le directeur de l'Académie soumet le projet de règlement intérieur au COS, qui l'adopte.
Le règlement intérieur précise notamment l'organisation de l'Académie et les règles de prise de décision du COS.

Le règlement de l'Académie est complété par une charte du stagiaire des formations qui définit les engagements réciproques entre l'Académie et les stagiaires des formations et par une charte de l'intervenant qui définit les engagements réciproques entre l'Académie et l'ensemble des intervenants quelle que soit leur catégorie.