L'Académie, dans les trois mois suivant sa création, se dote d'un règlement intérieur.
Le directeur de l'Académie propose le projet de règlement intérieur au COS, qui l'adopte après avis du secrétaire général du ministère des affaires étrangères. Le règlement intérieur est publié au Bulletin officiel du ministère de l'Europe et des affaires étrangères.
Le règlement intérieur précise notamment l'organisation humaine, budgétaire et comptable de l'Académie, les règles de prise de décision du COS, les relations de l'Académie avec les formateurs internes occasionnels, la composition et le fonctionnement de la réserve diplomatique citoyenne et le régime juridique applicable aux auditeurs dans le cadre de leur formation, notamment ceux qui ne sont pas des agents du ministère de l'Europe et des affaires étrangères.