Le conseil scientifique se réunit en séance plénière au moins une fois par an sur convocation de son président adressée au moins quinze jours à l'avance. La convocation fixe l'ordre du jour de la séance.

L'inscription d'une question à l'ordre du jour est de droit si elle est demandée par au moins trois membres huit jours au moins avant la séance.

Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents.

Le directeur adjoint, le directeur des études, le directeur de la recherche et des formations doctorales, les directeurs de laboratoires peuvent assister aux séances. Le président du conseil scientifique peut également inviter toute personne dont il juge la présence utile. Ces personnes n'ont pas de voix délibérative.