La commission d'experts est dotée d'un règlement intérieur approuvé par le ministre chargé de la construction et le ministre chargé de l'énergie.

Le règlement intérieur de la commission précise notamment :

-les règles de sélection et de nomination des experts composant la commission, ainsi que les règles d'organisation de cette commission ;

-les règles appliquées pour constituer le vivier d'instructeurs, et les modalités de désignation du ou des instructeurs pour l'instruction des demandes d'agrément mentionnées à l'article 39 ;

-les modalités de l'instruction et de l'évaluation des demandes d'agrément mentionnées à l'article 39 ;

-les règles de déontologie s'appliquant aux experts et aux instructeurs ;

-le contenu et les modalités d'adoption de l'avis simple relatif à la demande d'agrément mentionnée à l'article 39.