Structuration du programme de surveillance et contribution aux indicateurs du bon état écologique.
Afin d'assurer une comparabilité entre programmes de surveillance, le programme de surveillance est structuré en programmes thématiques tels que mentionnés ci-après :

• oiseaux ;
• mammifères marins et tortues ;
• poissons et céphalopodes ;
• habitats benthiques ;
• habitats pélagiques ;
• espèces non indigènes ;
• espèces commerciales ;
• eutrophisation ;
• changements hydrographiques ;
• contaminants ;
• questions sanitaires ;
• déchets ;
• bruit.

Chacun de ces programmes peut être structuré en sous-programmes.
Les données produites par les dispositifs décrits dans les programmes thématiques du programme de surveillance contribuent au renseignement des indicateurs du bon état écologique, tels que définis dans l'arrêté du 17 décembre 2012 relatif à la définition du bon état écologique des eaux marines. Les liens entre les programmes thématiques, les descripteurs et indicateurs du bon état écologique sont définit en annexe 1.